Центральным элементом ИУС-БУ является компьютерный план счетов. Как правило, в системах, поставляемых фирмами-разработчиками, уже заложен план счетов, соответствующий «Плану счетов бухгалтерского учета финансово-хозяйственной деятельности предприятия», утвержденному постановлением правительства ПМР №56 «О государственной программе перехода Приднестровской Молдавской Республики на международную систему бухгалтерского учета и статистики и о реформе бухгалтерского учета».

Однако, план счетов, который используется на предприятии, может отличаться от утвержденного правительством плана.

Это вызвано двумя причинами:

во-первых, особенностями финансово-хозяйственной деятельности конкретного предприятия, которые предполагают использование только части счетов общего плана;

во-вторых, отсутствием четкого определения субсчетов отдельных счетов в действующем плане счетов.

Поэтому любая программа предоставляет бухгалтеру возможность самому корректировать предложенный программой план счетов в соответствии со своими потребностями и создавать рабочий план счетов. Рабочий план счетов — это совокупность всех используемых счетов. Он определяет практически всю последующую работу пользователя, глубину детализации данных в учете, возможность получения необходимых отчетных сведений. Многие из систем автоматизации учета позволяют вести несколько независимых планов счетов. Благодаря этому возможна организация параллельного ведения учета по нескольким методикам, например по национальным и международным стандартам.